A Controladoria-Geral do Estado (CGE) foi instituída pela Lei Delegada n. 3, de 9 de junho de 2005, pela transformação da Secretaria de Estado de Controle Interno, Ética e Transparência – SCI, prevista no artigo 3°, inciso I, alínea “a”, item 4, da Lei Delegada n. 2, de 14 de abril de 2005.

          Atualmente, a organização da Administração Direta e Indireta do Poder Executivo Estadual é definida pela Lei Delegada n. 122, de 15 de outubro de 2019, que dispõe que a CGE é Órgão integrante da Governadoria.

          Em 2017, a Controladoria-Geral do Estado (CGE) absorveu as finalidades, competências, direitos e obrigações da Ouvidoria-Geral do Estado do Amazonas (OGE), extinta, conforme Lei n. 4.455, de 3 de abril de 2017.

          Com a absorção das novas competências, a CGE alterou seu Regimento Interno que foi aprovado pelo Decreto Estadual n. 38.385, de 29 novembro de 2017, sendo criada a Subcontroladoria-Geral de Ouvidoria, atuando com as atividades da Central de Ouvidoria e dos Departamentos de Transparência na Gestão Pública e de Tecnologia da Informação e Dados Estratégicos.

          Em 2019, o Regimento Interno da Controladoria-Geral do Estado foi reformulado e aprovado pelo Decreto n° 40.824, de 17 de junho de 2019, especificando a Estrutura Regimental, o Quadro Demonstrativo dos Cargos em Comissão e das Funções Gratificadas.

          Com o novo Regimento Interno, ficou estabelecida na Estrutura Organizacional da CGE a Subcontroladoria-Geral de Controle Interno (SGCI), que tem por finalidade a supervisão da execução das atividades da auditoria e controladoria, e a Subcontroladoria-Geral de Transparência e Ouvidoria (SGTO), que tem por finalidade a supervisão da execução das atividades do Departamento de Ouvidoria e Controle Social (DOCS) e do Departamento de Transparência Pública (DTP). Além da Secretaria Executiva Adjunta de Administração (SEAA), que tem por finalidade a supervisão da execução das atividades do Departamento de Administração e Finanças (DAFI).